تتألف الهيكلية التنظيمية لمجلس الإنماء والأعمار من.
1) مجلس الإدارة ويتألف من أعضاء متفرغين وأعضاء غير متفرغين.
2) مكتب المجلس ويضم الأعضاء المتفرغين وهم: الرئيس، نائبي الرئيس والأمين العام.
3) الرئيس، ويتبع له مكتب الرئيس
4) إدارات المجلس وتضم:
إدارة التخطيط والبرمجة
تضم إدارة التخطيط والبرمجة ثلاث دوائر ووحدة هي:
1: دائرة التخطيط الاجتماعي والاقتصادي
2: دائرة ترتيب استعمالات الأراضي
3: دائرة التخطيط والبرمجة القطاعية
4: وحدة التنسيق والمتابعة لإنماء المناطق
إدارة التمويل
تضم إدارة التمويل دائرتين هما:
1: دائرة تنسيق التمويل
2: دائرة تقييم التمويل
إدارة المشاريع
تضم إدارة المشاريع خمس دوائر هي:
1: دائرة مشاريع الطرق والنقل
2: دائرة مشاريع الري والمياه والمجاري والبنى التحتية
3: دائرة مشاريع الزراعة والبيئة
4: دائرة مشاريع المباني والإنشاءات
5: دائرة مشاريع المرافق العامة
إدارة المالية
تضم إدارة المالية ثلاث دوائر هي:
1: دائرة المحاسبة المالية
2: دائرة المحاسبة الإدارية
3: دائرة التطوير المالي
إدارة الشؤون القانونية
تضم إدارة الشؤون القانونية أربع دوائر هي:
1: دائرة القضايا
2: دائرة الاستملاك
3: دائرة العقود
4: دائرة المناقصات
إدارة الشؤون الإدارية
تضم إدارة الشؤون الإدارية دائرتين وجهازين وهم:
1: دائرة الموارد البشرية
2: دائرة المعلوماتية
3: جهاز الخدمات العامة
4: جهاز التوثيق